Travessat en direcció nord-oest/sud-est per la vall del Guilla i limitat a llevant pel curs del Llobregat, el terme d'Agullana té 27,39 km2, tot i que la conflictiva incorporació a l'Estat francès de 300m de territori a la zona del coll de Manrella ha retallat una mica aquesta extensió.
La vila d'Agullana és situada a la confluència del Guilla amb el torrent del Gou i té agregat el poble de l'Estrada i una quarentena de masies disperses. Limita al nord amb el Vallespir, concretament amb el terme de les Illes, a l'est amb el terme de la Jonquera, al sud amb el de Capmany, al sud-oest amb Darnius i a ponent amb la Vajol.
La zona nord és la més muntanyosa i està poblada de suredes, alzinars i algun bosc de castanyers en les zones més altes. La part més cap al sud i l'est és aquella en la qual hi ha la zona de conreus.
Terra de pas, Agullana té dins el seu terme dos colls importants: el de Portell, a l'extrem oriental, i el de Manrella, a l'oest. Entre aquests dos punts s'aixeca el puig Prunés, de 834 m d'alçària, el més alt del terme.
Comunicat per carreteres comarcals amb la Vajol i Darnius, un tram de 3 km de carretera l'uneix amb la N-II en el lloc de can Quartos, a 200 m de la sortida de la Joquera de l'autopista AP-7. L'obertura d'una nova carretera ha fet possible la comunicació directa amb el Vallespir a través del coll de Manrella.